回到京师之后，司马珂便向司马衍提出辞让都督中央军事一职。不再统领王室六军、五营校尉和城外诸军。
对于司马珂来说，王室六军和五营校尉都是世兵，大多数军士都只是把当兵作为一个饭碗，并没有多少战斗力和士气。虽然经过两年的训练，战斗力略有上升，但是依旧积重难返。
最重要的是，如今他都督六州军事，马上要接手京口之兵，如果不交出中央军事，难免会让人浮想联翩，引发各种猜测。对他来说，掌管好各兵镇之兵，为将来的西征和北伐做好准备，才是头等大事。中央军此时反而成了烫山芋，今早丢掉为好。
司马衍自然也明白这个道理，两次拒绝了司马珂的奏请之后，在司马珂的再三坚持之下，终究是同意了。
王室六军，关系到皇宫的安危，所以中护军一职司马衍还是执意要由宗室统领，便由车骑将军司马冲所兼领。
由于中领军纪睦被司马珂调到了荆州，中领军空缺，改由右卫将军褚裒所担任。城外守军依旧由周谟所领。
而天策军和羽林骑，均为司马珂所建，司马珂请将此两军移镇京口，以做将来北伐之兵，亦得到了司马衍的同意。
在司马珂解除都督中央军事之职后，便立即让郗鉴在京口买了一处宅子，作为府邸。同时天策军和羽林骑也分别告别了原来的乐游苑和南苑大营，由郗鉴在京口另辟一处大营作为两军所用。
自司马珂移镇京口之后没多久，郗鉴便奏请朝廷乞骸骨，请辞太尉之职，解都督中外军事，解都督都督晋陵郡、吴郡诸军事。虽然这一切都在计划之中，但是司马衍只批准了郗鉴请辞之职，但是并未批准其乞骸骨，而是改拜郗鉴为太傅，目的是让郗鉴风光的到七十岁再致仕。太傅之职不常设，更在三公之上，称为上公，也算是极尽荣耀。
郗鉴推让再三，最终接受太傅之职。为了投桃报李，郗鉴走得也极其干脆利落，彰显其高风亮节。
郗鉴走时，辟原太尉府长史刘遐为太傅府长史，荐举北中郎将李闳为右卫将军，荐举自己的侄子郗迈为尚书郎，两个儿子则为太傅府掾属，同时辟王羲之也为太傅府掾属，一家人齐聚建康，也算是其乐融融。
这样一来，几个对司马珂不是很感冒的主要将领全部被郗鉴带入京师，只留下对司马珂印象极佳的督护夏侯长，来协助司马珂顺利接手京口之兵。郗鉴此举，既为司马珂扫清了接手京口的障碍，同时也算是对李闳、刘遐和郗鉴的子侄们的一种保护。
对于郗鉴的高风亮节，司马珂自然十分感激。在郗鉴临别之际，司马珂发动了数万人欢送，并亲自率兵千人，护送到三十里之外。
对于郗鉴来说，人生到此地步，已算是功德圆满了。
…………
送走郗鉴之后，司马珂开始对京口之兵进行大整顿。
他将北府兵分为三军，分别为北府神策军、北府虎卫军、北府骁烈军，每军皆一万战兵，三千辅兵。
荐举桓温为广威将军，任命顾会为司马，统领北府神策军。
荐举谢尚为广武将军，任命张澄为司马，统领北府骁烈军。
荐举夏侯长为扬威将军，任命朱焘为司马，统领北府虎卫军。
同时以纪敏为天策军督护，虞啸父为天策军司马。
又任命李颜为卫将军府主簿，协助自己处理后勤和文书事宜。
如此，整个京口便有五只兵马，五万大军，也是司马珂寄托北伐厚望的五只强兵，毕竟除羽林骑外，其余这四只兵马都是以北面的流民为主，北伐的心思最为强烈，士气也最为高涨。
三只北府兵不但战力最强，其装备在郗鉴的经营之下，也是整个东晋最强，每军都有明光铠两千以上。司马珂又令召集四军的全部工匠，制作十石大黄弩三连弩三千把，以配备北府三军。
除了大黄三连弩之外，司马珂又请京师之工匠，协助打造五百辆精铁战车。毕竟一旦北伐，便要遇上北面羯胡的铁骑，司马珂手里只有区区七百骑兵，不足以与之对抗，唯一能抵挡铁骑的冲击的，便是战车。
司马珂又令三军在北固山一带，广开荒地，大量种植红薯和土豆，建造猪舍养猪，以节省军粮，为后续征战做好准备。
除此之外，而原朱焘所领的四百多骑兵也并入了羽林骑，如此一来，羽林骑便扩充为七百骑兵，依旧由周琦统领。针对羽林骑新兵，司马珂亲自主抓其训练一事。
而那三百藤甲兵，也独立成营，被名为藤甲营，由纪敏兼领。
经过两个多月的经营，整个京口已经完全在司马珂的掌控之中，而且呈现一片欣欣向荣的势头。
对于京口之兵来说，老太尉沉稳、德高望重，令人尊敬；但是新接任的卫将军，年少，朝气蓬勃，富有激情有冲劲，而且点子多，北伐的目标明确，虽然对待部曲的要求比老太尉严格得多，甚至动不动便会训斥和责罚不符要求的将士，但更令人充满希望和激情。
尤其是那些思念故土，做梦都想着杀回中原的将士们，深深的明白，老太尉终究是老了，不可能带他们北伐了。唯有这个年方十七，数次大战都是遇强则强，迎敌而上，从未退让，也从未战败的小统帅，才是他们的希望所在。
他们对司马珂在背后的称呼，都是亲切的称之为“小明公”。
…………
小皇帝司马衍，外有司马珂镇守藩镇，而京师的中央军彻底听命于己，也抖擞精神，开始大刀阔斧的整理朝政。
他下令江南诸州各刺史全面推广种植红薯和土豆，责成左民尚书诸葛恢全力监督，否则必当重罚地方官员。
而与此同时，司马衍又发布著名的“咸康土断”，命令废除侨置郡县，王公以下至平民百姓均以土著为断，将其户口编入所在郡县，注入白籍，以示与土著黄籍区别，加强了对侨人的户籍控制。
在司马珂的建议之下，为了减少推行白籍的阻力，司马衍又规定白籍者第一年免税，第二年三十税一，此后三年二十税一，到六年才与黄籍一样十五税一。
为了确保土断之策得以执行，司马衍规定给出一年的时间，由各州刺史及左民尚书负责白籍编户的问题，一年之后则将派钦差带虎贲去各地严查，一旦发现有故意藏匿侨人的士族，则严加责罚，并贬为庶族。
土断之事，重点在于提高朝廷财政收入，也一定的程度上削弱北方侨姓高门的势力。
此外，为了盘活经济，解决两晋时期钱币不足，而且币制混乱的问题，司马衍又责成何充家族负责铸造金币，陈郡谢氏负责铸造银币，而吴郡陆氏则负责铸造铜币。
一金币可换十银币，一银币可换百枚铜币，一枚铜币等同一比轮钱，大小和重量也跟比轮钱一致，避免新币对原有的比轮钱产生冲击。
司马衍记得王导临终前的建议，恢复西晋时的太学和国子学，依汉制设五经策试之法，通过考试的可补掌故、太子舍人、郎中等。增设督学使者一职，定为右第四品，由谢安担任，职掌督办教育、学校之事，太学和国子学亦归其管辖。
说起来，谢安也算是升迁极快的，仅仅两年不到的时间，便爬升到了右第四品之职，除了家族声望日隆之外，更重要的还是因为司马珂在背后的支持，谁都知道谢家的郎君是卫将军司马珂的拜弟。
就在东晋政局逐渐恢复平静，君臣上下励精图治，逐渐向强国、强军的方向发展时，一场战争的乌云分别自西面和北面同时袭来。