东林党与阉党之间的冲突，首先在熊廷弼的处置上爆发了。
根据天启二年四月的三法司会审，熊廷弼和王化贞都被判处了死刑，当时的解释是“若厚诛化贞而廷弼少及于宽政，不惟无以服天下万世之心，恐无以服杨镐、袁应泰之心矣”。
但问题是，这个判决下来后，天启帝当时没有批准，结果，各种幺蛾子便纷至沓来了。
首先，天启二年的六月，周朝瑞、惠世扬、萧基、赖良佐、侯震晹、刘弘化、熊德阳、江秉谦等东林党人立刻上疏弹劾兵部尚书张鹤鸣，称张鹤鸣支持王化贞、破坏熊廷弼三方布置策，属于同案犯，应该一起受罚。
接着，浙党成员、时任武英殿大学士的沈纮立刻出面弹劾时任刑部尚书的王纪，说什么王纪袒护熊廷弼，导致三法司会审结果没办法落实。
其实沈纮和王纪是老对头了，之前王纪就以沈纮阿附内宦，支持锦衣卫和内廷实施内操，跟蔡京没有两样，而弹劾沈纮，因此，沈纮现在这是择机报复，故意牵强附会，把天启帝没有做出决定，说成是东林党庇护熊廷弼。
天启帝显然很生气沈纮和王纪的互相攻讦，所以，让两人都回了老家，不过，熊廷弼的生死便成了东林党和其反对者角力的战场，却是不争的事实；尤其是首辅叶向高出于爱惜人才为由，决定重新进行三法司会审的决定，更是让这场角力变得火药味十足了。
天启二年十月，御史杨维垣弹劾熊廷弼在狱中和外人相见，又弹劾兵部员外郎顾大章受贿熊廷弼4万两白银以逃罪。
根据新任刑部尚书孙玮查明的事实显示，三法司会审熊廷弼时，只有顾大章以熊廷弼受到掣肘且熊廷弼有先见之言为由，建议判处王化贞死罪而熊廷弼戍守边疆，因此才有顾大章受贿熊廷弼4万两白银为熊廷弼脱罪说法，但这并非是事实，这份弹章纯粹是政治恶斗的结果，正所谓党同伐异。
然而，御史是可以在没有事实依据的情况下，风闻言事的，所以，杨维垣言者无罪。
也因此，接下来御史刘廷宣便如法效仿的提议快速处斩熊廷弼、杨镐等人。
鉴于刘廷宣的提案中没有王化贞和张鹤鸣，所以，同为御史的东林党人潘翼上疏认为内阁大臣和兵部尚书张鹤鸣也要承担责任；但天启帝还是不置可否。
天启三年二月，为了避免在京察中被黜落，不属于东林党的迁安籍御史郭巩把针对的矛盾进一步扩大到了当初举荐熊廷弼的御史涂世叶和周宗建等人。
这下就惹了马蜂窝，东林党人认为郭巩投靠了刚刚成型的阉党，便由御史方大任上疏弹劾郭巩只想杀熊廷弼而救王化贞。
曾经被郭巩弹劾的给事中刘宏光也上疏分辨，认为“今巩于救熊廷弼者尽皆深文周内，被之以党贼之名，而于救化贞者则尽置之不论，甚且欲专杀廷弼而故出化贞”，所以，郭巩弹劾自己，是为杀熊廷弼救王化贞而清除障碍。
周宗建也具疏驳之，其疏曰：“夫李维翰、杨镐、袁应泰等，皆失封疆之臣，亓诗教之力主催战、赵兴邦之贿卖，边臣皆误封疆之贼也。使巩而果从封疆起念，则自应泰身殉而外，胡不公正发愤？并请诛锄也。且使巩而果欲立保举之法，则荐镐、荐维翰、荐应泰者皆保举之人也。巩不尝见荐王化贞者乎······刘一燝身为宰辅何据，而遽指之为逆族；周嘉谟并叨顾命，何因而强坐之以机关；毛士龙放弃已久，何事复衔之刻骨；王安盖惟不具，何忍复借之以趋权······方震孺于进关之役，既苛责以不死之非，而陈王庭于三路之败、开铁之亡，反欲为邀不次之赏······”
此外，周宗建还在奏疏里说道：“止借一熊廷弼以媚一时之灶见，有触珰扶正挺然独立者，惟恐其去之不速，欲自为固结进身之计，而借此以为贽焉！世叶而自知人之欲借。臣以为，贽于魏进忠则自悔其失言者，不待臣词之毕矣。”
好家伙，不但说了王安不应该被以擅权的名义处置，还说郭巩背后是魏忠贤，此言一出，让魏忠贤万分愤懑，好在天启帝是知道怎么回事的，便批示道：“熊廷弼罪案已定，不必争辩。言官论事，但当据理直陈，是非自见，不必蔓衍牵缠，有失敬慎······”
周宗建奏疏的引起的话题总算是被压下去了，但阉党也因此算是跟东林党耗上了，你不是要救熊廷弼，让欺师灭祖，被叛叶向高的王化贞去死吗？好，我们绝不让你们如意，王化贞，我们保定了，熊廷弼这个大喷子，也一定是死定了。
由此，双方你来我往，开始互相攻讦，倒是让天启帝头疼异常。
拖到了天启三年的九月，身为帝师的孙承宗窥得天启帝对两方争议已经有了不耐的态度，便上书要求将被判处死刑的杨镐、熊廷弼、王化贞改判为戍边。
天启帝同意留杨镐不杀，但对熊廷弼和王化贞的处置并没有提及，但事情总算是搁置下来了。
而导致东林党人进一步偃旗息鼓的原因是，贵州方向的形势突然间急转直下了。
是的，叶向高刚刚才为时任贵州巡抚的王三善争取到了三十万两白银的军饷，可钱拨付下去了，王三善却因为再次冒进，陷入了后继无援的境地；王三善可是东林党人主推的干将，这要是失败了，岂不是给在天启帝面前再三夸口的东林党人以一击狠狠的耳光吗？
所以，东林党人需要总督贵州、云南、湖广军务的杨述中出手援助，但身为湖广人士的杨述中显然与东林党人尿不到一壶里，因此，为了示好杨述中所在的派系，东林党人不得不暂时压低了党争的调门。
只是楚党早就看清楚了东林党人的目的，因此示意杨述中按兵不动，如此，杨述中固然获得了怯懦的评价，但王三善和几万明军官兵的性命却就此断送在了贵州的群山之中，西南的形势，也因此再度恶化起来了······