1645年六月十五日，牛金星、宋献策等大顺文臣武将打开武昌城门，率领16000多名士兵及14万军属走出武昌城，向围城明军缴械投降。
随即根据事先达成的协议，朱由崧赦免了牛金星以下十多万大顺军民的死罪，但活罪难逃，因此，稍后的一年来，包括牛金星在内的大顺军民与之前向朱由崧投降的左良玉、左梦庚残部、军属一样，被分批押解出海安置，成为了朱由崧进一步扩充虾夷地（大树、向海方向）、苦兀岛（南湾、北湾、囊哈儿卫、热海等处）、小琉球（宜阳方向）、千岛群岛（实际是勘察加半岛）皇庄及黑龙江各商栈的有生力量。
在武昌开城的第三天，黄得功部抵近襄阳城下，但由于李自成北逃后及时与田见秀等取得了联系，因此，有兵无民粮草也不多的田见秀、辛思忠两部一早放弃了襄阳城，带在李自成退往了均州、郧阳方向，并且在黄得功部向郧阳进攻后，又从郧阳逃亡了四川，最后与李过、刘宗敏等人实现了汇合。
不过，李自成、田见秀等人虽然逃脱及时，但其留在南阳、信阳等地的兵马却没办法跟上大队了，在黄军的逼迫下，差不多6000余顺军向黄军投降----后根据朱由崧的命令，其中3000人划拨给了高杰统帅，另外3000则与武昌顺军一样，被押解出海安置；当然，黄得功对此是有些不满的，但左梦庚部殷鉴不远，蒙朱由崧开恩已经将所部员额扩充到5万人的黄得功也不敢多说什么，这件事就不了了之了----另外有3000多顺军逃亡河南府后，向驻守在洛阳周边的清军博洛部实施了投降。
因此最终随着李自成退入四川的顺军仅有3万人马、随行军属也只有3万人----另有3万被孙传庭的追兵赶上截住，最后被什么都缺的孙传庭安排在荆州境内屯种了----成为明清顺西四位玩家中兵力最少的一位，“势力日蹙”，当然，比起另一时空此时李自成已经兵败“身亡”来说，却还是大有不同的······
按下李自成和控制了大半个郧阳府、小半个南阳府的黄得功部不说，朱由崧这边是当年七月一日率部从武昌返回南京的，并于当年七月十一日，于南都万民郊迎下回到了南京城。
在祭拜孝陵及奉先殿，向历代祖宗报告了自己阻止了叛军、消灭了贼寇主力、击退了北方侵略者的功绩后，朱由崧莅临武英殿，发布了一条非常严厉的诏令。
“查衍圣公孔胤植失节从虏，先奉《初进表文》，又上《剃头奏折》，实名教罪人、圣人不肖子孙，故诏废衍圣公爵位，于圣人家谱之革除本宗房名，罚没北孔除祭田以外一切田土财物，以孔氏南宗孔胤桢一支接掌孔氏大宗，并授孔胤桢大成至圣先师奉祀官，领祭！”
卢久德刚刚开始宣读这份特旨的时候，在场的文武大臣还以为只是废除了孔胤植的爵位，剥夺了孔胤植一支在孔氏的地位，但到最后才知道，朱由崧是废掉了衍圣公的爵位，而以大成至圣先师奉祀官代替，因此众人的脸色一下子变了。
王铎更是硬着头皮出列劝谏道：“衍圣公爵位流传已久，若是轻易废止，只怕天下士子哗然呢？”
“衍圣公？孔氏子孙早在前元就当了十几代的汉奸了，就是因为没拿掉衍圣公的爵位，所以，一个个都没了记性，于如今故态复萌了。”朱由崧厉声说道。“再说了，亚圣、复圣、宗圣、述圣之所以能有圣名，乃有教化功绩，孔家子孙有什么可以称圣的地方？又在哪里延续了圣人之德啊！”
时任礼部尚书的钱谦益也是不想跟朱由崧闹矛盾的，但如果今天不站出来力争的话，他在士林中的名声就全完蛋了，所以，他只能出列向朱由崧进言道：“陛下，历朝之所以优待孔氏并非圣人子孙在传承圣教上有多少建树，乃是为了表示对圣人的尊仰礼敬，所以，罪在孔胤植一人，而不在衍圣公爵位。”
从钱谦益的话里，朱由崧知道传统势力的强大，所以他稍稍放缓了语气说道：“卿的意思，朕当然明白，所以才设了这个大成至圣先师奉祀官以为过渡，孔氏南宗若是在夷夏之辩上把持得住，朕自然会将衍圣公的爵位还给孔氏，但若是南北一丘之貉，朕也相信，孔家子孙中总能找到了然夫子之心意的后辈的。”
是的，诏废衍圣公爵位就是为杀猴儆鸡，给让北地那些附贼附虏的读书人知道，别看衍圣公家族很牛，但只要投敌了，那一样是要被钉在历史耻辱柱上的，既然连衍圣公都如此待遇，那你们自己就看着办吧！
朱由崧的话充满了政治正确的，因此在场的官员如同吃了苍蝇一样难受，但却又无法继续争辩下去，所以，礼部左侍郎毕懋康便问道：“陛下，大成至圣先师奉祀官当为几品？”
一旁的卢久德代朱由崧回答道：“位在太子少保之下、太子宾客之上。”
太子少保是东宫三孤之一，太子宾客也是宫衔，前者正二品，后者正三品，因此大成至圣先师奉祀官的真实品级应该是落在从二品上，由此，毕懋康找到了反对的理由：“陛下，这实在太低了，或让天下士子误以为朝廷不尊重圣人，有意压低读书人的地位。”
卢久德一边偷窥朱由崧的表情，一边回复道：“大成至圣先师奉祀官入朝觐见时，位在文臣之首。”
原本衍圣公在入朝觐见时是位次在亲王之前，现在降了，降到了文臣之前，其实也没降多少，因此，不满者稍稍平复了一下。
见朝堂上的气氛略有缓和，卢久德便道：“陛下征战多日，刚回京师，有些累了，诸臣工，若无事，就此退朝吧。”
刑部尚书顾锡畴立刻出列道：“陛下，之前内厂、锦衣卫以参与叛乱为由，抓捕了大量官员、士绅，不知如今审讯结果如何了，可否移交刑部······”