光绪二年，宋骁飞赶回京城后，慈禧太后和恭亲王奕欣的权力斗争再次白热化，李鸿章再次面临站队问题。
这一次，宋骁飞的想法，是将恭亲王和清流都连根拔起，全部扳倒。
当然，这需要争取慈禧太后的支持，幸运的是，这时候，慈禧太后扳倒恭亲王和清流的愿望，明显比宋骁飞要强烈得多。
慈禧和恭亲王这对反目的“情侣”，也没有什么深仇大恨，说到底，还是权力的斗争。
光绪皇帝即位后，清廷的政治权力格局发生了变化：两宫太后依旧垂帘听政，慈安太后还是名义上的一号人物，慈禧只能算“女二号”，恭亲王继续主管总理衙门和军机处，权力依然很大，尤其是军机处，基本没变化，还是恭亲王的地盘。慈禧公开说，军机处是“针插不进，水泼不进”的“阎王殿”，而“鬼子六”恭亲王就是“阎王爷”。
而军机处在清朝地位特殊，从雍正年间开始，军机处虽然都是兼职，但总揽军政大权，凌驾于六部之上，地位相当于现在的国务院加中央军委，所以军机大臣地位相当于现在的中央政治局常委，加上两宫太后，就是大清的最高决策机关。
慈禧一直都想染指军机处，但没什么效果。李鸿章虽然深得慈禧的信任，官居一品，但在军机处也是靠边站的人物。光绪元年的军机处由五人组成，即恭亲王奕欣、武英殿大学士文祥、协办大学士宝鋆、协办大学士沈桂芬、工部尚书李鸿藻，其中只有李鸿藻一人还是慈禧太后以“帝师”的名义安插进去的，其他四人都是恭亲王的“死党”。
慈禧太后拉拢慈安太后，在光绪皇帝即位的问题上独断专行，绕过了军机处，对固守正统的清流大臣也是极大的刺激，他们认为慈禧违背了清朝祖制。光绪登基，恭亲王虽措手不及，但很快稳住了脚跟，联合“清流”大臣开始反击。
就在光绪登基不久，内阁侍读学士广安就受恭亲王的指使，上奏了一折子，请求把光绪皇帝即位的事立个“铁券”，永不变更，言下之意，是防止慈禧再生花样，废了光绪皇帝再立新君。更让慈禧不可接受的是，广安要求召开王公、六部、九卿扩大会议，进行讨论，慈禧大怒，将广安流放，发配边疆。
不过，“清流”有一点让恭亲王和世人都很看重，就是“不怕死”，敢于“死谏”。
慈禧好不容易把广安制造的舆论压制下去，吏部主事吴可跳出来，他更为激进，当时阿鲁特皇后没有死，还怀着身孕，他要求光绪皇帝死后，必须立同治皇帝的子嗣为皇位继承人，为了制造轰动效应，他义无反顾地选择到同治帝陵墓附近服毒自尽。
几千年来，大臣死节是中国人最欣赏的，不管他的要求合不合理，慈禧太后马上变得很被动。
吴可死后，朝野震惊，恭亲王不但没有压制舆论，还在军机处里讨论此事，这次连李鸿藻都觉得自己身为臣子，应该站在恭亲王的那一边。慈禧很孤立，地位也岌岌可危，她强烈地意识到，如果掌控不了军机处，她就难以成为大清名副其实的“一号人物”。
慈禧下决心对付恭亲王奕欣和清流大臣，还有另一个重要原因，她目光长远，看到了“十年”之后。她眼看光绪皇帝一天天长大，如果不把强势的奕欣和不要命的清流大臣扳倒，一旦等到光绪皇帝到了亲政的年纪，慈安绝对会表态退出垂帘听政，她到时候孤掌难鸣，绝不可能再像对待同治皇帝那样，对光绪皇帝的亲政一拖再拖。
而打击恭亲王的机会，很快来了。
光绪二年，武英殿大学士、军机大臣文祥病故。文祥是1861年北京政变的老臣，他和宝鋆多年来一直是恭亲王的左膀右臂，他一死，军机大臣的位置就空出来一个，慈禧太后最先想到了帅叔李鸿章。
晚上，李鸿章和幕僚在庭院商议此事时，盛宣怀、李凤苞、张树声都建议他入军机，毕竟汉臣当军机大臣是难得的荣耀和机遇。
宋骁飞抬头望着一轮昏月，没有说话。李鸿章问他的意见，宋骁飞说：“上次恩师批评我没有搞清朝廷的情况，我特意补了一下功课。现在朝廷的局势，就像这夜幕一样漆黑一团，军机大臣这位置，像头顶的一轮昏月，看上去有一种朦胧美。实际上，到时候恩师会很尴尬。”
李鸿章点点头:“这也正是老夫忧虑的地方。”
宋骁飞说：“恭亲王从咸丰年间就担任领班军机大臣，虽然曾被慈禧太后剥夺过议政王的头衔，但他在军机处根深蒂固。如若恩师进去了，和他太近，容易遭到慈禧太后的猜忌；和恭亲王太远，恩师主导的洋务和海防必然得不到支持。这次军机大臣之争，恭亲王和慈禧太后必定谁都不肯相让，我们不妨保持中立，这样他们双方都会来争取恩师。”
李鸿章捋了捋花白的胡子，说：“你说得有道理。我一向喜欢实干，我想办的铁路和海军都刚刚起步，不能半途而废。而且入军机难免陷入空议，非我所愿。但圣母皇太后的意思，老夫也不好违背。”
宋骁飞说：“恩师不如推荐一个人，慈禧太后也会满意。”
李鸿章问：“谁？”
宋骁飞说：“荣禄。”
李鸿章微笑着点点头：“你跟我想到一块去了。”
第二天早朝，李鸿章以自己还要忙于和英国公使威妥玛周旋“马嘉里案”为由，推荐了时任内务府总管的荣禄当军机大臣。
这当然是慈禧想要的，既提拔荣禄，李鸿章又能在洋务派中继续发挥顶梁柱的作用。但当时荣禄的资历不够，为了把荣禄调进军机处，慈禧把他官升一级，为左都御史、工部尚书。
慈禧太后以前骑在自己身上也就忍了，但这次，她还要撒尿，到自己的“后院”来安插亲信，恭亲王当然不同意，双方僵持不下，恭亲王去找慈安太后，慈安建议他去见见醇亲王。
当时醇亲王虽然成了“闲王”，但他毕竟是光绪皇帝他爹，而且刚退居二线，人脉尚存，便出来当“和事佬”，让沈桂芬提议湖南巡抚王文韶入军机，他去说服荣禄主动放弃军机大臣的位置，这样慈禧太后也保全了自己的颜面，荣禄还照样升了官。
恭亲王答应了，说这办法可行。
醇亲王觉得自己真是个人才，这么好的主意居然被自己想出来了，于是兴冲冲地去找荣禄，他原以为荣禄是自己提拔的人，多少会给自己一点面子。但荣禄觉得自己也已年近四十，正是干大事的时候，入军机一辈子可能也就这一次机会，加上有慈禧太后撑腰，态度模棱两可。
醇亲王以为他已经答应自己，便让沈桂芬去湖南找王文韶，结果，王文昭好不容易答应了，荣禄又跳出来极力争取军机大臣的位置。
醇亲王和沈桂芬都很愤怒，觉得荣禄这人是反复无常的小人。醇亲王咽不下去心中的恶气，禀明慈安太后，说修同治皇帝的皇陵事事都需要找内务府，自己年纪大了，腿脚不利索，在北京和河北之间跑不方便，急需荣禄这样年富力强的内务府大臣作助手，希望荣禄参与修陵这项重大工程，慈安太后恩准，慈禧也不好说什么。
于是，在恭亲王和醇亲王的两面夹击下，荣禄偷鸡不成蚀把米，不仅没能入军机，还陪着醇亲王去河北修陵墓去了。
这一次斗争，以恭亲王的胜利告终，湖南巡抚王文韶顺利入了军机。恭亲王还和慈安太后商量，增加了一名军机大臣，光绪皇帝的老师翁同龢，翁同龢这个人思想比李鸿藻更“清流”，这更加激怒了倔强的慈禧，觉得恭亲王是在为光绪皇帝十年后亲政做准备，加大了她要移开恭亲王这块绊脚石的决心。慈禧太后生下来，就是那种不达目的，誓不罢休的女人。
光绪三年，朝廷内斗的形势越来越剧烈，连幕后的宋骁飞也闻到了火药味，李鸿章的铁路计划因醇亲王的反对无疾而终，理由是破坏风水，中国最早建成的一条铁路吴淞铁路，朝廷花了二十八万两白银从英国人手里买来，把铁轨拆了全扔黄埔江里喂鱼去了。整个清廷屁大点事都要吵翻天，就像一个大火药库，仿佛只要来点星星之火，就会猛烈爆炸。
而火药库的导火索，马上就要被日本人和法国人点燃。