公元六百九十九年，李旦被复封为相王，并将名字由武轮改回李旦，兼领太子右卫率，后又遥领安北大都护。
当时，武则天为了调解李氏与武氏的矛盾，召集两族子弟，在明堂盟誓，要两族和睦共处。
李旦作为李氏代表，与李显、太平公主一同参与了盟誓。
公元七百零一年，突厥默啜可汗率军南侵。
李旦被任命为天兵道元帅，统率诸军抵御突厥。
可这个元帅只是徒有其名，未有实权。
突厥也只是以突袭的方式，强杀掠夺之后，就退兵了。
因此，李旦被封为左、右羽林卫大将军。
公元七百零二年，雍芷若去世，雍步离远离幽州，奔赴李旦。
李旦见自身难保，担心危及雍步离，又担心雍步离的事情惹来非议，给敌人找到扳倒自己的理由，因此将雍步离安置于宰相王方庆家中。
同年，突厥进犯并州。
李旦被任命为并州牧，并充任安北道行军元帅。
趁此机会，李旦希望雍步离能在此战役中荣获功勋，所以，将他带到了身边！
没想到，因为雍步离的出现，突厥又一次退兵了。
突厥的反间计，让雍步离成为了朝廷斗争的一枚棋子，不仅害了宰相王方庆一家，也差点害得与紫竹阴阳相隔。
自此，李旦又改任了雍州牧。
公元七百零五年，李旦统率南衙禁军，联合宰相张柬之、崔玄暐等人，发动了神龙政变，捕获韦承庆、崔神庆等张氏党羽，诛杀武则天的面首张易之、张昌宗，并逼迫武则天禅位于李显。
自此，李显登基为帝，是为唐中宗，三子李重俊为太子。
李旦因功被拜为太尉、同凤阁鸾台三品，以宰相身份参预国政，并加号安国相王。
不久后，李旦辞去太尉及知政事之职。
可唐中宗却不愿意，想立李旦为皇太弟，但还是被拒绝。
纵观李旦一生，虽一直处于政治漩涡之中，屡屡遭受猜忌，但也能够保住性命。
不得不说，这也是他的一种才能，少见的才能，能清醒地认识到自身处于怎样的环境和权势之中并保住自己。
而雍步离身上的性格不也有李旦的遗传么！
唐中宗为帝以来，以韦皇后为代表的一帮人，笼络天下宗派，残杀反对派的开国大臣，企图效仿武则天登基为帝。
安乐公主是为韦皇后亲生女儿，她为日后能有机会登基为帝，联合老丈人武三思屡屡迫害李重俊，并在唐中宗面前挑唆李重俊，还要求废掉李重俊，立自己为皇太女，但唐中宗不愿意。
公元七百零七年，李重俊发动了景龙政变，联合左金吾大将军李千里、左羽林大将军李多祚、右羽林将军李思冲以及李承况、独孤祎之、沙吒忠义等人，率左右羽林军及千骑三百余人发动兵变。
他先冲入武三思的府邸，杀死武三思、武崇训父子及其党羽十余人。
而后又命令左右金吾大将军成王李千里，率军闯入肃章门，在皇城内搜寻韦皇后、安乐公主与昭容上官婉儿。
韦皇后闻变，簇拥着唐中宗奔向玄武门。
并召左羽林军将军刘仁景护驾，让他率领留军飞骑及百余人在楼下列守。
随后，李多祚等率军赶至，想冲上玄武门楼，结果被宿卫士兵阻住。
唐中宗趴在楼槛上，对千骑士卒喊话道：
“你们都是我的卫士，为何要作乱？若能归顺，斩杀李多祚等，将长保富贵。”
千骑军官王欢喜等人当即倒戈，斩杀了李多祚和李承况、独孤祎之、沙吒忠义等人。
因此，政变以失败告终。
在李重俊的心里，原本还是对异世邪君雍步离抱有一丝希望，希望他能早点出现，挽回局面。
没想到事与愿违，害得雍步离差点死在了终南山中。
李旦念李重俊的计划只是针对韦皇后那帮人，没有危及皇兄李显，所以，希望唐中宗能放过李重俊！
唐中宗原本就没打算杀害自己的亲生孩儿，也就顺着李旦给的台阶，写了一道圣旨。
可当李旦到达终南山的时候，上官婉儿不顾圣旨，将李重俊等人全部杀害了。
韦皇后为了帮助上官婉儿隐瞒真相，并对外宣称：自太子李重俊政变失败后，率领百余骑兵奔出肃章门，逃至终南山，并被左右亲信杀害了。
没有办法！
为了以儆效尤，唐中宗忍痛命人将李重俊的首级斩下，献于太庙，并以之祭奠武三思、武崇训父子。
李重俊死后，东宫僚属没有敢接近李重俊尸体的，唯永和县丞宁嘉勖解下衣服将太子首级收拾起来并痛哭，被韦皇后知道了，因此他被贬为兴平丞。
韦皇后的党羽为了应和韦皇后，也趁此作妖，上奏唐中宗，将太子李重俊政变时所经过的诸城门守护者统统杀死。
但唐中宗不同意，最后，各让一步，那些守护者都被连坐流放了。
此后，经过韦皇后及王公多次上表，多次发生政变的玄武门被改名为神武门。
以上事情，足以可见，导致韦皇后的权利越发强大原因，与其说是唐中宗心慈手软，不如说是他的软弱。
如果唐中宗的手段能硬刚点，李旦也不用如此操心了。
对于李旦来说，还是有一件事是值得欣慰的，就是雍步离回来了。
当初，因为突厥一事，雍步离因“通敌罪”而被通缉，也遭到了江湖的追杀令。
迫于无奈，他只能放弃修行术，改练李天威所传授的鬼行术，用着自己的章法来教训天下不仁不义之徒。
因此，韦皇后的那帮人，其中有很多遭到雍步离的杀害。
也因此，雍步离不知不觉就与韦皇后结下了梁子。
不过，这次能顺利回来，不仅仅是因为手中掌握了天书，也是因为李旦在朝廷中的上下疏通，又加上太白的助阵，雍步离才能堂堂正正的，像个平常人一样，走进了相王府。
由于雍步离是成年后才回到了李旦的身边，所以在家中的族谱里，一直未被列入其中，但李隆基一直称着雍步离为二哥！所以，雍步离也就按族谱里的排名，称呼李隆基为三弟了。