在罗氏家众将的勇猛表现下，历经一个多月，甲斐亲直的大军一路行进，一路将沿路的阻挡势力连根拔起。
天文十六年（一五四七），九月，正是秋收之际，甲斐亲直的大军也杀到了苇北郡最后一座重镇水俣城下。
在甲斐亲直大军到来之前，为了加强水俣城的防守，守城大将犬童赖安几乎将周边所有的势力都召集到了水俣城中。此时的水俣城集中了近一千人的守城大军，而甲斐亲直的大军则是有四千余人。
而趁着犬童赖安将萨肥边境的守兵都调往了水俣城中之时，此前一直在水俣城附近负责牵制犬童赖安的守城大军的阿苏惟前则是乘机夺取了把控着从苇北郡进出萨摩出水郡的小城砦中尾城。
掌控了这座城砦，不但可以提前预警对面出水郡岛津家的入侵，更加与甲斐亲直的大军形成对水俣城的前后夹击之势。
两军对垒，立即就展开了激烈的笼城战。在连续数日攻城未果后，甲斐亲直果断改变了攻城策略，他暂停了攻城战，改为派人将水俣城附近所有的势力先行拔除掉，同时将城中的守兵的家人驱赶到水俣城下，每日在城下高声劝降城中的亲人。
期间双方又经历了数场激烈的笼城战，但是依然未能分出高下，城中的人未能击退城外的人，城外的人也未能攻克水俣城。
激战持续了数月，眼看就要进入年底。甲斐亲直按照与政良的约定，暗中通过已经彻底控制了八代海罗氏家水军运来了大量罗氏家的专有攻城兵器。准备一举拿下水俣城。
此前之所以没有立即使用这些攻城兵器。一是城中守兵士气正旺。即便使用这些兵器强行攻城，估计伤亡也会很惨重。
二是，政良希望通过这场战争锻炼一下新组建的第七常备足轻番队。虽然这个番队同样是采用以老带新的办法，从其他各个番队里抽取一部分的老兵进入新番队担任组头，以此来促使新兵迅速成长起来，但番队中的新兵毕竟还是占据了大部分的，正好利用这一次南肥后之战锻炼一番。
三是，甲斐亲直有意利用攻城战将当地投诚的豪族地头的势力削弱一番。这也是得到了政良的首肯的。只是现在眼看就要进入冬季了。天气逐渐转冷，是很不利于作战的，所以无论甲斐亲直还是政良都希望尽快结束战事了。
而此时的城内守兵，实际上也是士气大降了。主要是因为眼看了就要进入冬季，要是对方还赖在城外不退军的话，他们明年的春耕就要泡汤了。要知道，因为战争的关系，他们已经错过了今年的秋收了，要是再错过明年的春耕，到时候就算城外的大军退走。他们也要准备在明年吃西北风去了。
就在甲斐亲直磨刀霍霍准备发动对水俣城的总攻之时，一个神秘人却拿着政良的亲笔命令进入了甲斐亲直的军营中。稍作停留后。他又前往了水俣城下，得到了进入水俣城的机会。
两日后，水俣城城门打开，坚守了数月的水俣城，终于在守城大将犬童赖安的决定下，献城投降。这可谓是皆大欢喜的结局了。
而此次负责劝降的这个神秘人，正是原相良家的家臣上村长重。此前他的兄长上村赖兴企图毒杀他，正是被暗中保护他的罗氏家忍者所救的。在得知相良义滋死在鹰峰城后，他就成为了罗氏家的家臣了。在前来水俣城之前，他一直在八代郡、球磨郡罗氏家的占领区域内协助罗氏家内政阁接收领地。
当他得知水俣城的情况后，立即就向政良提出了前往劝降的请求。毕竟水俣城中的犬童赖安也算得上是他的至交了，他不可能眼睁睁地看着犬童赖安被杀的。于是才有了犬童赖安后来献城投降。
随着水俣城的陷落，整个南肥后就只剩下东球磨郡这一块地方没被攻克了。只是，此时东球磨郡已经结成了一个对抗甲斐亲直大军的联盟，甚至还拉拢了南萨摩的北原家以及日向的伊东家作为靠山，再加上军势连续作战大半年后，已经逐显疲倦了，天气又开始变冷，不利于大军作战，最终政良只得暂时放弃了继续攻略东球磨郡的打算，准备留待下一年再作了断。
趁着这段停战时间，政良再次对有关番队的驻地进行了变更。
甲斐亲直、高坂昌信、吉川兴经、上村本纲所统领的第七常备足轻番队，驻地为南肥后，具体分工为，甲斐亲直、吉川兴经带领二百个常备驻守八代郡的高塚城；高坂昌信带领二百个常备驻守苇北郡的水俣城，同时分兵把守与萨摩出水郡出水城接壤的中尾城以及与出水郡大口城接壤的鬼山城；上村本纲带领一百个常备以及一部分临时征募的农兵负责把守人吉城。
水军第三常备番队，总驻地改为南肥后八代郡球磨川出海口附近的八代城，除此地之外，番队将分出数个小队，分别驻扎在宇南肥前高原郡的深江城、天草郡的栖本城以及志岐城、久玉城，主要守护区域是有明海、岛原湾、橘湾、天草滩以及八代海，防备来自海上的威胁，尤其是岛原湾对面肥后各豪族以及八代海、萨摩海域的海上威胁，同时负责向途径本家所在海域的商船收取一定的过路费，并保证这些船只的安全。
此外，这一次在八代城下的一战，也缴获了不少的相良家水军船只，因此，政良对水军也进行了扩军。
水军第一番队人数由五百常备增加到六百常备，船只方面，小早一百六十艘，关船五十艘。主将为孙五郎、村上隆重，副将为大矢野种光、上津浦种教，驻地为唐津湾原波多家水军的海港，负责从唐津湾至呼子湾加部岛沿岸只见的海域的防备，主要是防备沿海的一些海贼以及来自壹岐以及筑前的海上势力的威胁。同时还负责向途径本家所在海域的商船收取一定的过路费，并保证这些船只的安全。
水军第二常备番队人数同样由五百常备增加到六百常备，小早一百九十艘，关船六十五艘，主将为忽那通著，副将为福田兼次、上津浦重贞，驻地分别为肥前松浦郡的平户港、五岛的城山城、五岛的江川城、彼杵郡的福田城，主要守护区域是平户岛海域、五岛海域、长崎半岛沿海，防备来自海上的威胁，尤其是萨摩方向的水军威胁，必要时，及时支援两侧的第一、第三常备水军番队，同时负责向途径本家所在海域的商船收取一定的过路费，并保证这些船只的安全。
至于最后的水军第三常备番队，常备为六百人保持不变，小早一百八十艘，关船七十艘。主将为田尾政虎、村上武吉，副将为大矢野种乡、宇久纯定。
投降的将领方面，也得到了安置。
其中，在上村长重劝说下，深水濑谦、深水濑方两人也最终决定投靠罗氏家。深水濑谦成为的罗氏家的奉行，被派往肥前国协助东乡平次管理肥前民事、农事。深水濑方同样也是成为了罗氏家的奉行，被派往筑后国协助有马晴纯管理筑后民事、农事。
甚至深水濑谦刚刚远元服的儿子，日后成为相良家支柱的深水长智，也被政良提前起用，成为了罗氏家的奉行，留在肥后国协助锅岛清房管理肥后民事、农事。
协助罗氏家攻略球磨郡，并且出兵解救被软禁在人吉城中的相良家众家臣家眷，从而令上村赖兴措手不及的相良治赖，也成为了罗氏家的奉行，留在肥后国协助锅岛清房管理肥后民事、农事。
同时，为了奖赏他此前对罗氏家的贡献，政良不但保留了他原来的领地，甚至还在筑后国另外分封了一块领地给他。
跟相良治赖相类似的上村长重，也同样成为了罗氏家的奉行，被派往筑后国协助有马晴纯管理筑后民事、农事。由于他原来的领地是在上村城附近的，现在仍然还是被上村家占据着，所以政良同样在筑后分封了一块两倍于他原来家族领地收入的领地给他。这让他当场感激不已。
行军将领方面。
在八代郡通过甲斐亲直的劝降而投诚罗氏家的赤池长任与丸目赖美。前者称为罗氏家足轻大将，被委派到木下昌直所统领的第四常备足轻番队担任副将。后者则同样也成为了罗氏家的足轻大将，被委派到圆城寺信胤所统领的第六常备足轻番队担任副将。
在高尾城投诚的佐牟田长坚则是作为足轻大将，被委派到大石智久所统领的第二常备足轻番队担任副将。
而犬童赖安则是作为足轻大将，被委派到吉田重政所统领的第三常备足轻番队担任副将。
所有事情安顿后以后，政良立即让众人各安其职，迅速将新占据的领地掌控下来。尤其是内政阁，必须争取在短时间内将新占据领地的石高以及人口情况普查出来。(未完待续。。)