在多宝和玄都参战的前提下，蚩尤终于被众人擒下，轩辕将蚩尤带回了部落，罗列了蚩尤数十条罪状，最后判处蚩尤斩首示众，可是行刑之时却是出现了意外，任何的兵器均伤不了蚩尤的身体，反而斧钺被蚩尤磕坏，蚩尤哈哈大笑：“哈！哈！哈！轩辕小儿，你不是要杀我吗？我现在脖子都伸出来等着呢！”就在大家一筹莫展之时，玄都道：“蚩尤乃是大巫之身，现在也即将成为祖巫，不说一般的斧钺了，就算是先天灵宝也不易。”
玄都说完蚩尤又是一阵大笑，轩辕听到蚩尤的笑声心中不快，暗道玄都这样说出来，不是让四周来观看的人笑话他轩辕无能吗，玄都微微一笑，道：“不过人皇不必担心，吾师老子圣人却是早料到这一点，特地让我带了一把神兵给人皇。”说完玄都就取出了一把剑，剑身为金黄，剑身一面刻曰月星辰，一面刻山川草木。剑柄一面书农耕畜养之术，一面书四海一统之策，此剑乃是老子圣人当曰得到的那一半有剑柄的诛巫剑所炼，因为剑体只有一半，所以混合了首山之铜，虽然这样让剑内的怨气消除，但是也可以让凡人使用，轩辕拿起此剑的一刻，蚩尤就感受到了前所未有的危机感。
轩辕高举轩辕剑诛杀蚩尤，他大喝一声法力全部汇与剑锋之上，当剑落下的那一刻蚩尤也知道了这把剑的确有死他的能力，但是脸色没有出现任何的变化，嘴角的那一丝笑容仿佛在嘲笑轩辕一般，就在剑要斩掉蚩尤头颅的那一刻，一道黑色的剑光击中轩辕剑，轩辕拖着剑走了好几步。
这突如其来的变故将众人惊住，他们举目望去只见一个黑衣道人站在空中，一身的道行让人看不明白，但是可以肯定的是，刚才的那一道攻击就是他发出了，广成子冷声呵斥道：“道友是何方人士，既然阻挡人皇轩辕斩杀蚩尤，你难道是要向人族宣战吗！”黑衣道人看也没有看广成子一眼，而是直接身形一闪出现在了蚩尤的身边，右手为爪就将捆绑在蚩尤身上的龙筋划断，然后提着蚩尤就要走。在场的人看到是怒发冲冠啊!这分明是不把他们放在眼里。
十二金仙一起站在黑衣人之前，全部开始祭起自己的法宝，黑衣人没有停止脚步直接大喝一声，无边的煞气就直接爆发了出来，将还在祭法宝的十二金仙给打蒙了。而同时这段时间却是让赵公明和三宵完毕了，赵公明又是将他的定海珠掷出，结果那黑衣人和蚩尤做了同样的事情，直接用蛮力将这个先天灵宝丢了回去，就在此时碧霄的金蛟剪和云霄的混元金斗到了，黑衣人身形一抖身后出现两只黑色的翅膀虚影，一下就冲出了两件先天灵宝的包围。玄都看到这个情况再次祭起了太极图，太极图变的无比巨大追向那人，黑衣人看向太极图显得有些忌惮，手中抛出一物化为一副龟壳挡住了太极图，随后远遁而去。
蚩尤就这样在众目睽睽之下被人救走，轩辕的双眼简直就要自燃了，立刻就问此人是谁，十二金仙和三宵他们全部都是摇头，让轩辕的火一直发不出来，此时慈航道人道：“方才的那个人肉身和蚩尤一般，而且也同样是煞气四溢，依我看应该就是巫族之人，现在我们应该向九黎动手。”此话像一盆冷水将轩辕淋了个遍，现在人族可没有与巫族开战的条件，多宝看到有人怀疑是巫族苦笑了一下，抬头望去没有想到燃灯也是如此，下面有人道：“蚩尤被劫走，此事传开对人皇不利，现在蚩尤有巫族保护恐难寻到，不若用大军平了九黎部落，这样方可显示人皇的威压。”说话的是人族一个文官，轩辕听完也是觉得有理，九天玄女看到有机会表现，于是跟道：“人皇，这话有理！如果蚩尤被救的消息传出，也许九黎会再起兵戈，所以我支持人皇灭了九黎部落，我们天庭愿意出十万天兵相助！”
为了维护人皇的尊严，同时就是为了防止蚩尤归来九黎族再次作乱，轩辕最后下令大军和十万天兵一起灭了九黎，截阐两教的人看到了也没有阻止，毕竟轩辕现在正在怒头上，你这个时候劝他有效果吗？再说了又不是他们动的手，这个业力怎么算也算不到他们的头上。
大军前往九黎之地一路的杀戮，只要是和九黎有关的部落全部被灭，进入九黎之地后，九天玄女带来的十万天兵不愧是昊天和瑶池攒下的精锐，面对没有指挥的九黎族人一阵的冲杀，短短的时间里面就已经灭杀了九黎四分之一的人口了，正当他们杀的开心之时，两个身影出现在了大军的前面，大军一下子就沸腾起来，其中一个就是刚刚被救走的蚩尤，而另一个块头和蚩尤一般大，左手持盾，右手持斧。
九天玄女不知道蚩尤身边的人是谁，但是单单就是一个蚩尤就让她颤抖不已，连忙让大军撤退，但是已经迟了当蚩尤看到九黎族人的尸体时，他们就注定是回不去了，蚩尤怒吼一声手持吴刀就冲来过去，片刻的时间将人族的大军和十万天兵屠杀而尽，刑天向正在往九天玄女的身体中拔刀的蚩尤点了点头，然后就往天上飞去。
蚩尤将吴刀拔了出来，把九天玄女的尸体往一边一丢，此时九黎的族人和他的八十一的兄弟全部来到了此地，蚩尤看向他们吼道：“轩辕无义！居然要屠尽我们九黎一族，当年如果不是我们九黎在巫族的帮助下救济了人族，现在还有他们的存在吗？兄弟们这样的人族我们承认吗！”“不！不！不！”蚩尤看到族人的态度满意的点了点头，向天大吼道：“人族无义！轩辕无德！今我蚩尤就带九黎一族退出人族！天地共鉴！”
蚩尤的声音传遍洪荒，“轰！轰！”几声巨响，原本属于人族气运的九黎那一份开始分离，人族在这一刻都感觉到了有什么东西离他们而去，娲皇宫和首阳山传来两声冷哼。同时在轩辕部落的十二金仙和燃灯感觉一种莫大压力压在了自己的头上，全部吐了一口血，随后全部冷冷的看向轩辕。