在竹林深处的一片空地，忍者身穿黑色的和服，他正在面无表情的练习着刀技，一招一式都砍得那样用力，好像有很多心事。这时听到远处有动静，忍者赶紧扫视一下四周，便拿着刀像风一样的朝远处奔去。终于在前面看到了人影，对方穿着一身黑色的紧身衣，难道是忍者？还有其他忍者？忍者心里想着，便悄悄的一路跟随。穿过了竹林，再穿过树林，忍者感觉四周不只一个忍者，但他们好像没有发现被跟踪。走出树林后，那个黑衣人突然停住了，从周围又出来几个黑衣人，他们聚在一起，好像在商量着什么。忍者在树林里观察着，“这不是诺万把守的那个仓库吗，他们要干什么？”忍者心里一惊，“难道是……难道是想抢夺或引爆里面的核弹？”忍者思忖：“不行，不能让他们得到，破坏更不行，我的母亲大人和妹妹会有危险。”忍者想着便慢慢走了出去。“你们是什么人？要干什么？”忍者厉声喝道。那几个黑衣人听到忍者的声音吓了一跳，他们也不说话，就一个个拿着刀慢慢围拢过来。忍者见对方无法沟通，便直接冲向了他们。黑衣人把忍者围在中间，一起向忍者攻击，忍者凭借敏捷的身手，灵活的闪避着，并伺机向他们攻击，很快就有黑衣人倒地。
秘密基地内，大家已经到齐，人人都沉默不语。已经过了两天，大家还没从悲伤中恢复过来。“斗怎么会这样？”茂斯痛心的说。“别说了，事情已经发生了，可怕的是他竟然被神秘人救走了，以后不知道会发生什么？”芙蕾在电脑旁，一边搜索着，一边满怀心事的说。“斗本来就不是什么好东西，他人小鬼大，我早就看出来了。”芙拉沃丝愤恨的说：“可怜的是我哥哥，那么一个好好的人，就那么突然就消失了，让人怎么接受。”说完就伏在诺万肩头哭起来。诺万赶紧轻轻的安慰，大家也都无奈的看着她，不知道说什么好。“布莱克那是活该，谁让他什么事只顾自己，把别人当成玩具。”芙拉沃丝回头又说：“还相信斗那个奸邪小人，好歹他没害了我哥哥。”想到这里，芙拉沃丝又眼含泪水控制不住。“我们以后要加倍小心了，斗知道我们很多东西。”茂斯不放心的说。“是啊。”芙蕾赞同的说。这时她发现有异象，“大家赶快看屏幕，竹林那边有动静。”大家一起注视大屏幕，果然看见竹林里有黑影闪烁。“是忍者！”茂斯惊道。一会又看到一个身穿黑色和服的人在后面跟踪，“那才是忍者，怎么回事？”茂斯忍不住又说。“别着急，看看再说。”只见和服人跟踪黑衣人一直出来树林，到了山洞外面的空地。“那是我把守的仓库，他们去那里干什么？”诺万吃惊的喊道。“都怪我，只为了集齐同伴，却让你放弃了原先的职责。”芙蕾自责道。只见那里一下子又冒出来几个黑衣人，他们把和服人围在中间，双方就打了起来，“这是怎么回事？”众人都感到莫名其妙。“我知道，肯定是哥哥怕坏人伤害我们。”少言寡语的琳突然开口说道。众人都吃了一惊，一起诧异的看着她。“有可能，因为仓库里隐藏着核弹，很危险！”诺万点头说道。众人都惊得目瞪口呆，谁也没想到会有这种事。“那我们赶紧派人去吧，必须消灭那些黑衣人，肯定又是外星人捣鬼。”芙拉沃丝着急的说。“对。”芙蕾说完就开始电脑设定，“我和茂斯、诺万，还有琳去，其他人留守这里。”芙蕾对大家说。“我也要去！”芙拉沃丝急躁的说。“都去，这里就没有人了，再说谁传送我们。”芙蕾劝解说。芙拉沃丝无语，“这里我来把守，你们放心去吧。”塔窝稳重的对大家说。“琳，你要小心啊，把哥哥完整的带回来。”琳微笑着点点头。诺万冲着芙拉沃丝点点头，芙拉沃丝低头不语。于是，芙拉沃丝坐到电脑跟前，茂斯和诺万一组，芙蕾和琳另一组，准备好就开始传送。
另一边，忍者正在与黑衣人激战，一会儿功夫，他就干掉了周围的几个忍者，正要休息，周围又出现十几个忍者，只好继续战斗。正在忙着，茂斯和诺万在旁边出现，忍者吃了一惊，但顾不上许多，只有先解决了周围的黑衣人。茂斯和诺万赶紧变身，茂斯变身影侠，用各种灵活的招式，一边躲避着黑衣人的快刀，一边给他们重击，很快就解决了几个。诺万变身飞鹰，在空中召唤出很多遥控机，各自寻找目标冲撞着黑衣人，并在他们身上投弹，很快就干掉了几个。三个人共同努力，很快将十几个黑衣人消灭干净。三人来不及休息，周围又出现了更多的黑衣人，难道他们会分身，怎么好像杀不完呢，茂斯心里话。这时芙蕾和琳也赶到，“哥哥，小心。”琳关切的喊道。忍者回头见是妹妹琳，默默地点点头，继续对着黑衣人大开杀戒。芙蕾再次变身白翼天使，从空中对着黑衣人发出火球；琳变身刺球，对着黑衣人，发出很多尖刺，扎的黑衣人乱跳乱叫。山洞跟前，五个人与黑衣人展开激战。正在忙碌，竹林里又走出一个全身包裹着黑色长袍的怪人。“不好，是那个带走斗的神秘人，大家小心啦。”茂斯马上喊道。忍者离他最近，直接就冲了上去，神秘人似乎并没有想和忍者真打，他飞快的闪躲着，一下子就出现在忍者背后，一把就抓住忍者的衣服。“别打了，跟我走。”说完便带着忍者消失了。“哥哥！”琳看到这一幕紧张的喊道，但大家顾不上许多，还有不少黑衣人要对付。
忍者一下子来到了一个飘浮的空间，感觉身边的人很熟悉。“你是谁？放开我。”神秘人把忍者放开，一闪就站在忍者对面，“你看我是谁？”神秘人马上变成了一身黑色紧身衣的装束。“师父，你怎么在这里？”忍者吃惊的喊道。“我不是你师父！”神秘人面色沉重的回过头去。“那你是谁？”忍者吃惊的问道。“我是你父亲！”神秘人又变化了一次。“怎么会……怎么会这样？”忍者更加难以接受，“这到底是为什么？”忍者问道。“是时候了，你已经长大了，可以告诉你了。”神秘人郑重的说道。忍者静静的倾听。“在十几年前，这个世界发生了一场大战，是外星人的侵略，战况极为惨烈，很多人都战死了，外星人实在太强大了。他们威胁我说，必须跟他们合作，否则你母亲的怪病就永远都治不好。那时我才知道，你母亲的怪病是外星人下的毒，而且人类的技术根本无法治愈。所以我就……”“所以你就加入了外星人，和自己的同胞为敌？”忍者愤怒的问道。“是的，你听我说。”神秘人继续平静的说：“这个世界太腐朽和堕落了，每个人都只顾着自己，大家相互欺骗相互倾轧，根本没有希望可言。这一切都是因为那个自负而又无能的政府，他们根本没有能力治理好这个世界，他们只顾着自己享乐，根本无力保护自己的子民，他们只会给人民带来更多的苦难。所以，为了你母亲早日康复，为了这个世界更加美好，我只有与外星人合作。”忍者听完父亲的表述，无语的低下了头。神秘人又说：“为了让你看清这个世界的丑恶本质，为了我们以后父子一起，向这个世界讨还公道，我必须让你心里充满恨意，这样你才能足够强大和冷酷。”“所以你才在我小时候，变身把我抓来，并教我刀法。”忍者问道。“是的，你明白就好，现在可以合作了吧？”神秘人问道。“嗯。”忍者点了点头。“必须把那些异能的斗士一网打尽，外星人才答应治好你母亲的病。我们必须这样……”神秘人说完，忍者郑重的点了点头。