东学教的第二代教主崔海月，带着十万教徒在朝鲜南部的全罗道起事，这些农民手执竹棒和锄头，径直杀入全州府，接着攻下庆尚道，不到十日，又攻下忠清道，一个月内接连占了三省，势如破竹，整个朝鲜南部杀气腾腾，各省教徒密谋聚众北上，意欲攻下汉城，改朝换代。
宋骁飞知道朝鲜农民被李朝统治者闭关锁国愚弄了好几百年，一群乌合之众，不知为何突然变得如此凶悍，他带了的八千淮军在仁川登陆，然后命令水师副提督琅威理指挥“定远”号、左翼总兵林泰曾指挥“镇远”号、中翼总兵邓世昌指挥“苏州”号、管带詹天佑指挥“洞庭”号，巡航警戒，封锁对马海峡。
宋骁飞一上岸，唐绍仪就带人赶来了，他一脸愧色，递给宋骁飞一份报告，说：“少川有愧大人重托，先前我以为教民皆为农民，只要严惩朝鲜的贪官污吏，分给他们土地，他们自然就会回乡务农。不想，根据我军最近抓获的俘虏交待，日本陆军参谋部次长川上操六，秘派了以内田良平为首的一千余名浪人混入东学教，策动叛乱。”
宋骁飞说：“我说这些朝鲜农民，怎么会战斗力猛增，一路势如破竹攻下南方三省，原来又是日本人在背后捣鬼！日本人称在朝鲜的侨民有八千，我看包括这些浪人在内。”
对付日本人，必须要个强有力的将领，宋骁飞让段祺瑞接收唐绍仪指挥的两千淮军和三千朝鲜新军，带着八门克虏伯重炮，火速赶往全罗道、庆尚道、忠清道平乱，并嘱咐他擒贼先擒王，先除掉内田良平等日本浪人，对他们格杀勿论。
宋骁飞自己带着八千陆军，驻扎汉城外。日本这时已通过租借的四艘英美军舰，以保护侨民为由抢先运送一批陆军到朝鲜，先期部队约五千精锐陆军驻扎汉城外，领兵的是日本驻朝公使大鸟圭介，他是日本士官学校毕业的高材生。汉城并没发生暴乱，朝鲜没邀请日本兵前来，所以没放日本兵进汉城。中日双方在汉城外驻军对峙，谁也不敢轻举妄动。
这时，叶志超带着大同镇总兵卫汝贵、高州镇总兵左宝贵、毅军总兵马玉昆、侍卫丰升阿等率军二十九营，共计二万余人由陆路入朝，到达朝鲜，驻防汉城外的牙山。
宋骁飞大喜，马上让叶志超带兵进驻汉城，以保护朝鲜王室为由，控制景福宫，只要能将国王李熙和闵妃控制在手里，一旦段祺瑞平息东学党的叛乱，他就可以名正言顺地让朝鲜国王下诏，请日本和俄国退兵。而且叶志超率军进汉城，还可以保护各国驻朝使馆，一箭双雕。
叶志超这个人，向来狂傲自负，他是淮军的“创业”老将，此时年过半百，担任直隶提督，虽然这也是武职从一品官员，但负责拱卫京师，所以他觉得自己的官衔比宋骁飞要高半级，加上他年纪比宋骁飞大得多，战功也显赫，李鸿章却并没有进一步打算提拔他，反而对宋骁飞这个后起之秀很看重，这次竟然还让叶志超听从宋骁飞的指挥，叶志超觉得很憋屈，不把宋骁飞放在眼里，虽然他也知道进驻汉城控制朝鲜王宫的战略意义，但因为这主意是宋骁飞出的，他竟然置之不理，屯兵汉城外的牙山，既不派兵南下帮忙剿灭东学教乱党，也不进驻汉城，每日与诸将置酒高会，日日笙歌。
宋骁飞一看叶志超按兵不动，便告知他负责牵制日本驻朝公使大鸟圭介的五千日军，自己带着八千淮军进入汉城，马上派军保护各国使馆，还控制了朝鲜王宫，让李熙下诏，明确拒绝日本出兵；另外，让他发布《罪己诏》：当前朝鲜混乱的局面，都是由于国王的失德和官吏渎职**造成，朝廷将承诺改革，满足乱民提出的部分要求：一、停止迫害东学教徒，自愿回乡者既往不咎；二、查明贪官污吏，一律严惩；三、改善起种贱民的待遇；四、不强制白丁戴平壤斗笠；五、允许青年寡妇再嫁；六、废除一切扰民的苛捐杂税；七、严惩私通日本者。
这些都是宋骁飞根据唐绍仪的报告有针对性地提出的改革，朝鲜国王的《罪己诏》发布后，朝鲜南方民心大稳。
段祺瑞本来在北洋军官学校就表现优异，又以官费入柏林军校，学习一年炮兵，在著名的埃森克虏伯兵工厂实习了半年，此时指挥新军作战，如鱼得水，不到半个月就收复了忠清道、庆尚道，轰死打死日本浪人六百多人，还派兵包围了全州府。内田良平一看情况不妙，这段老虎比唐绍仪凶狠何止百倍，加上制造暴乱让日本出兵的任务已经完成，于是赶紧带着浪人撤了，剩下的东学教徒，都是一些衣衫褴褛的农民，朝廷一说既往不咎，他们带着锄头就回家了，东学乱党很快溃散，崔海月最后带两千教民开城门投降，暴乱基本平息。
正当宋骁飞觉得大局已定，汉城外传来一阵轰隆隆的炮响，叶志超的两万淮军和日本驻朝公使大鸟圭介带领的五千日军打起来了。
当时中日两军阵地很近，牙山地势较低，日本人积极备战，早修筑了炮台，九门重炮居高临下，占据炮火优势，一阵乱轰。叶志超根本就没想到大鸟圭介这文弱公使，敢凭五千日军单挑他两万淮军，每日照常醉酒笙歌，炮声一响，仓促备战。他靠着李鸿章，带领的淮军经过十来年的休养生息，战斗力大大下降。面对日本人的炮轰，叶志超异想天开，竟然派两千骑兵杀出，企图闪电夺取日本人的阵地。大鸟圭介惊讶之余，命令日军集中炮火攻击，淮军的骑兵跑到半路，就被炸上了天，可怜淮军死伤一千二百多人，锐气尽失。
淮军骑兵大败，日军反而士气高昂，继续发射杀伤力比较强的榴霰弹，这种炮弹弹壁薄，内装火药及小钢珠或钢箭、钢珠，弹头装有定时引信，能在预定目标上空爆炸，杀伤敌方。高州镇总兵左宝贵不懂这新式武器，大鸟圭介亲自发射了一发定时的榴霰弹打到他的身边，刚开始没有爆炸，他竟然毫不知情，继续指挥火炮发射，还击日军。结果，榴霰弹过了一会爆炸，弹片击中的左宝贵的右眼，他伤重殉国。
如果叶志超能带领淮军坚守阵地，宋骁飞带着城里的淮军杀出，内外夹击，日军肯定大败。但左宝贵一死，叶志超面对日军强大的火力，心理防线竟然奔溃，带一万多名兵狂逃一百多里，退守平安府。
当时，天空下着大雨，叶志超带着残兵败将，恐日军截杀，不敢走大路，光挑荆棘密布的羊肠小路，很多士兵的军服和脸都被荆棘所破，惨不仍睹。日军一路追杀，淮军死伤六千余人，而日方只损失两百人。
宋骁飞带五千淮军出汉城，叶志超早已逃之夭夭，王士珍一看叶志超驻防的牙山，对宋骁飞说，“此处地势低洼，孤险无援，叶志超竟然在此驻兵，真是没用兵常识，天下第一等蠢材，难怪会大败！”
宋骁飞默然不语，为了避免更大的伤亡，他决定立即接管叶志超的淮军，于是带兵连夜赶往平安府，叶志超竟然给李鸿章发电报，谎报军情，说牙山一仗，淮军大捷，淮军死伤二百，日军伤亡两千！
宋骁飞收到消息，强压住内心的怒火，把叶志超和一些淮军将领请来营帐中议事，叶志超到了之后，宋骁飞马上命冯国璋带亲兵把叶志超五花大绑，叶志超反抗，大叫：“老子也是提督，你凭什么抓我？老子跟中堂大人打仗时，你还光着屁股呢！”
宋骁飞听了面色突变，拔出冯国璋送的匕首，众将以为宋骁飞要杀叶志超，一半默然不语，也有将领站出来替叶志超求情：“提督大人，大敌当前，杀大将恐会乱军心！”