由于论者所持角度互异，史书对这种特殊阶级的称谓颇不一致。例如：指家门贵盛者，称为“高门”、“门第”；强调世代做官者，称“士族”、“世家”。至于“世族”一词，兼指政治、社会、文化地位而言，意含较广。直至现代，门阀等词汇，仍被用作对有名、有钱、有权有势之家族的别称。
东汉时期，士人主要通过察举、征辟出仕。被举、被辟的人成为举主、府主的门生、故吏。门生、故吏为了利禄，甚至不惜谄附、贿赂以求固结。大官僚与自己的门生、故吏结成集团，以增加自己的政治力量。东汉后期的士大夫中，形成了一些累世公卿的家族。这些人都是最大的地主，而且世居高位，门生、故吏遍于天下，因而又是士大夫的领袖。所谓门阀大族，就是在经济、政治、意识形态上具有这些特征的家族。东汉时期选士首先看族姓阀阅，所以门阀大族的子弟在察举、征辟中照例得到优先。门阀大族是大地主中长期发展起来的一个具有特殊地位的阶层。当政的外戚、宦官都要同他们联结、周旋。门阀大族在本州、本郡的势力更具有垄断性，实际上统治了这些州郡。
汉末社会中的世家大族，魏晋时称为士族，影响很大，名士多出于这个阶层，或者在政治上与这个阶层结合在一起。曹操由于其宦官家族的身世，一般说来不为名士所尊重，故而一再发布“唯才是举”令，选用那些不齿于名教但有治国用兵之术的人。但曹操不但没有笼统地否定世家大族素所强调的德行标准，而且很重视对名士的争取。曹操死后，曹丕在尚未代汉称帝之前，采纳了陈群建议的九品官人之法，即九品中正制。实行之初，士人品定之权掌握在政府的中正手里，中正采择舆论，按人才优劣评定品第高低，多少改变了东汉末年名士品评人伦、操纵选举的局面。
西晋时虽仍袭用九品中正制，但中正一般只注意被评定者家世的封爵与官位，很少注意真正才能，不能起选择人才的作用，以致于上品无寒族，下品无士族，九品中正制反而成为巩固士族力量的工具。西晋规定高官显爵者各按官品高下占有田地，并在全国范围内以法令形式承认私家依附农民。虽然法令规定免除国家租税、徭役的户数，但在占有大量田地情况下，高官显爵者必然拥有更多超过法令规定的从事劳动的依附人口。在占有大量土地和依附人口的基础上，后汉、曹魏以后世代高官而且世袭封爵的家族，在政治、经济、社会各方面拥有特殊优越地位，形成门阀士族。
西晋亡后，在门阀士族的拥戴下，东晋王朝得以建立，但统治阶级内部，存在着北人士族与南人士族、北人士族中的上层与下层、皇室司马氏与侨姓大族、各大族之间、中央与地方(扬州与荆州)等错综复杂的矛盾。终东晋一朝，门阀士族在政治上居主导地位。桓玄曾一度推翻司马氏统治，自立为帝，后失败被杀。
南朝宋武帝刘裕从东晋门阀专政、王权弱小、方镇割据的积弊中汲取教训，努力加强皇权，因而南朝世家大族虽然在社会上经济上的优越地位未变，不仅拥有大量田地，而且封山占水，实行庄园经济，占有广大田庄山泽和附属于土地上的大量依附人口，但实际军政实权大为削弱，政治权力主要已不在他们手中。南朝士庶之别非常严格，士族通过仕宦途径和婚姻关系来维护门阀制度，形成封闭性集团。士族所居官都是被认为“清显”的职位，一般不理政事。士族中又有高低阶层之分，两者之间一般也不通婚，低级士族担任的某些官职，高级士族不屑担任。侯景之乱使世家大族遭受沉重打击。承圣三年(554)，西魏军攻占江陵，俘衣冠士族数万口，驱入长安为奴婢。这是对南方门阀士族的一次沉重打击。在陈朝，无论侨姓士族或江南士族，不仅政治上早已无所作为，社会声望和经济地位也都一落千丈，门阀制度已经没落到徒具躯壳了。